A Igreja Santo Inácio começou a ser erguida em 1909, junto com as novas instalações do Colégio Santo Inácio. Como o Colégio precisava abrigar mais alunos, a obra da Igreja foi interrompida para que a nova ala, que ficava atrás do terreno, fosse construída com mais rapidez. Mesmo sem estar concluída, foi abençoada pelo Cardeal Arcoverde, em 3 de dezembro de 1912, começando a receber moradores da região e alunos em suas missas no ano seguinte.

As obras acabaram somente em 1935, mas outras modificações aconteceriam na década de 1960, com a reforma litúrgica que precedeu e sucedeu ao Concílio Vaticano II. Traços arquitetônicos do estilo românico, com um altar mor e dois altares laterais fazendo os braços da cruz, definem a Igreja, cujo vitral do coro mostra Santo Inácio de Loyola sendo carregado pelos soldados quando foi ferido no cerco de Pamplona (1521). Nas paredes, além dos 14 quadros da Via Sacra, símbolos e anagramas litúrgicos ou da Companhia de Jesus decoram o ambiente. O altar-mor traz a pintura “A Glorificação de Santo Inácio” e segue o estilo das principais igrejas da Companhia de Jesus, em Roma. Nele, Santo Inácio está vestido com os paramentos tradicionais da missa, com o olhar voltado para o Senhor, numa atitude de acolhida à sua vontade. No alto, dois anjos mostram o famoso lema inaciano que motiva os jesuítas: Ad maiorem Dei gloriam - Para a maior glória de Deus.

Colunas da nave central criam espaço para os altares laterais do Coração de Jesus e de Nossa Senhora das Vitórias, que expressam duas devoções de grande significado na época da construção, quando o mundo estava dilacerado pela Grande Guerra Mundial. No subsolo do presbitério, encontra-se a cripta com os restos mortais dos jesuítas falecidos no Rio de Janeiro. São relíquias transladadas da Capela Mortuária que a Companhia de Jesus tem no Cemitério de São João Batista.